১৩২ হিঃ থেকে ৬৫৬ পর্যন্ত আব্বাসী শাসকরা মসজিদে আকসার সংরক্ষণ ও সেবা আঞ্জাম দেন। একবার ভূমিকম্পে মসজিদের কিছু অংশ ক্ষতিগ্রস্ত হওয়ায় আব্বাসীয় খলীফা আবু জাফর মনসুর তার সাম্রাজ্যের সকল গভর্নরদের প্রতি মসজিদের একটি একটি অংশ নির্মাণ করার নির্দেশ দেন। ফলে, মসজিদকে আগের চাইতেও আরো বেশী মজবুত করে নির্মাণ করা হয়। ১৫৮ হিজরীতে খলীফা মাহদী মসজিদে আকসার সংস্কার করেন এবং মসজিদ সম্প্রসারণ করেন। পরে আব্বাসী খলীফা মামুনও মসজিদের অনুরূপ সংস্কারও সম্প্রসারণ করেন।