শেষ পর্যন্ত মুক্তবুদ্ধি ও প্রগতিবাদীদের ধৈর্যের বাঁধ ভেঙে গেল। তারা ধর্ম ও প্রতিক্রিয়াশীল গোষ্ঠীর প্রতিনিধিদের বিরুদ্ধে বিদ্রোহের পতাকা উডীন করল। তারা ধর্মীয় গোষ্ঠীর এই জোর-জুলুম, স্থবিরতা ও inquisition বিভাগের ঐসব নিপীড়ন-নির্যাতনের কারণে এমন নাখোশ ও বিক্ষুব্ধ হল যে, ঐ সমস্ত ধর্মীয় মহলের বলে পরিচিত আকীদা-বিশ্বাস, ইলম ও আদব-আখলাক সম্পর্কে তাদের মনে ঘৃণার সঞ্চার হয়। আর তাদের মনে প্রথম দিকে খ্রিস্ট ধর্মের বিরুদ্ধে, অতঃপর ক্রমান্বয়ে সাধারণভাবে ধর্মের বিরুদ্ধেই বৈরিতা সৃষ্টি হয়ে যায়। এবং যেই যুদ্ধ প্রথম দিকে জ্ঞান-বিজ্ঞান ও বুদ্ধিবৃত্তির পতাকাবাহী ও খ্রিস্ট ধর্মের (মূলত সেন্ট পলের ধর্মের) প্রতিনিধিবৃন্দের মাঝে ছিল, পরে তা ধর্ম মাত্রই ও জ্ঞান-বিজ্ঞানের পারস্পরিক সংঘর্ষের রূপ ধারণ করে। প্রগতিবাদী ও মুক্তবুদ্ধির পতাকাবাহীরা নিজে থেকেই এই সিদ্ধান্ত নিল, জ্ঞান-বিজ্ঞান ও ধর্ম একে অন্যের প্রতিপক্ষ ও প্রতিদ্বন্দ্বী, যা কখনোই এক হতে পারে না। এদের মধ্যে আর কখনো সন্ধি ও সমঝোতা হতে পারে না। এজন্য জ্ঞান-বিজ্ঞান ও বুদ্ধিবৃত্তির প্রতি বিশ্বস্ততা প্রমাণের নিমিত্ত প্রয়োজন হলো ধর্মের দিক থেকে মুখ ফিরিয়ে নেয়া। এদের সামনে যখন ধর্মের নাম উচ্চারিত হতো তখন আকস্মিকভাবেই ধর্মীয় প্রতিনিধি ও গির্জাধিপতি পুরোহিতদের লোমহর্ষক জুলুম-নিপীড়নের ভয়াবহ ছবি তাদের চোখে জীবন্ত হয়ে ভেসে উঠত, ভেসে উঠত সেই সব নিরপরাধ জ্ঞানী-গুণী, বিজ্ঞানী ও দার্শনিকদের ছবি যাঁরা অত্যন্ত নিষ্ঠুরভাবে ও অসহায় অবস্থায় ঐসব জল্লাদদের হাতে যন্ত্রণাদায়ক মৃত্যুবরণ করেছিলেন। ধর্মীয় সম্প্রদায় ও গোষ্ঠীর নামে তাদের চোখের সামনে ক্রোধব্যঞ্জক চেহারা, রুদ্র ও রুক্ষ মূর্তি, অগ্নিক্ষরা চোখ, সংকীর্ণচেতা পাদ্রীদের স্থূল মস্তিষ্কই ভেসে উঠত। ফলে কেবল খ্রিস্ট ধর্মের বিরুদ্ধে না হয়ে সাধারণভাবে সকল ধর্মের প্রতিই ভীতি ও ঘৃণাকে তারা জীবনের মূলনীতি বানিয়ে নেয় এবং ভবিষ্যত বংশধরদের সামনেও তারা এই ঘৃণা ও অবজ্ঞাকেই উত্তরাধিকার ও পুঁজিরূপে রেখে যায়।